Υπάρχουν δύο βασικά προβλήματα με την κατανάλωση καφεΐνης όταν η παραγωγή κορτιζόλης είναι υψηλή. Πρώτον, η καφεΐνη τείνει να παρεμβαίνει στην παραγωγή κορτιζόλης. Το σώμα παράγει τότε λιγότερη ορμόνη και βασίζεται περισσότερο στην καφεΐνη.
Δεύτερον, η κατανάλωση καφέ ενώ η κορτιζόλη είναι υψηλή μας οδηγεί στο να αναπτύξουμε μακροπρόθεσμες ανοχές στην καφεΐνη, γι' αυτό τόσοι πολλοί συνήθεις καταναλωτές του καφέ λένε ότι έχει μικρότερη επίδραση σε αυτούς. Στην πραγματικότητα, η καφεΐνη αντικαθιστά την ώθηση που θα παίρναμε συνήθως από την κορτιζόλη αντί να τη συμπληρώνει.
Τρεις φορές κατά τη διάρκεια της ημέρας νωρίς το πρωί, περίπου το μεσημέρι και το βράδυ τα επίπεδα κορτιζόλης αυξάνονται.
Αν και αυτά διαφέρουν λίγο από άτομο ανάλογα με το πότε κάποιος τείνει να ξυπνήσει εξακολουθούν να αποτελούν λογικό σημείο αναφοράς για άτομα με κανονικές έως σχεδόν κανονικές ώρες αφύπνισης.
Μελέτες έχουν δείξει ότι όταν οι άνθρωποι μιλούν για την ανάπτυξη μιας «ανοχής» στον καφέ, στην πραγματικότητα οφείλεται στο ότι η κατανάλωση καφέ τους έχει ενθαρρύνει τη μείωση της ποσότητας κορτιζόλης που παράγει το σώμα τους κατά τη διάρκεια της ημέρας.